Η οικονομική και λογιστική διαχείριση των ίδιων πόρων διενεργείται σύμφωνα με το ΝΔ 496/1974 (Α΄ 204), και κάθε άλλη σχετική διάταξη που διέπει τα νομικά πρόσωπα δημοσίου δικαίου. Ο έλεγχος των οικονομικών καταστάσεων του Ταμείου διενεργείται από δύο ορκωτούς ελεγκτές – λογιστές σύμφωνα με τις διατάξεις του π.δ/τος 205/1998 (Α΄ 163). Οι οικονομικές καταστάσεις δημοσιεύονται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως  και καταχωρίζονται στην ιστοσελίδα του Ταμείου. Το Ταμείο συντάσσει επίσης ετήσιες οικονομικές καταστάσεις σύμφωνα με τα διεθνή λογιστικά πρότυπα.

Το διοικητικό συμβούλιο συντάσσει και δημοσιεύει ετήσιο οικονομικό απολογισμό των Πράσινων Πόρων. Ο απολογισμός αυτός γίνεται με αναλογική εφαρμογή των σχετικών διεθνών λογιστικών προτύπων, και εμφανίζει χωριστά τα στοιχεία ανά χρηματοδοτικό πρόγραμμα, ανά  κατηγορία πόρων και νομικής δέσμευσης. Επιπρόσθετα στον απολογισμό αναφέρονται αναλυτικά τα ποσά που έχουν εγκριθεί για να χρηματοδοτήσουν δράσεις σε επόμενες χρήσεις, καθώς και τυχόν δάνεια που έχουν αναληφθεί από το Πράσινο Ταμείο με την δέσμευση να εξοφληθούν από αντίστοιχες εισροές.

Ο Υπουργός Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής μπορεί να διατάσσει  οποτεδήποτε έλεγχο του Πράσινου Ταμείου για την διαχείριση των πόρων που προβλέπονται στο άρθρο 8.  Ο έλεγχος μπορεί να διενεργείται από ανεξάρτητους ορκωτούς ελεγκτές ή από τις οικονομικές υπηρεσίες του Υπουργείου Περιβάλλοντος Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής ή από τις αρμόδιες υπηρεσίες του Ελεγκτικού Συνεδρίου. Ο Υπουργός Οικονομικών επίσης μπορεί να ασκεί οικονομικό έλεγχο στην διαχείριση των κεφαλαίων και της περιουσίας του Ταμείου σύμφωνα με τα ειδικότερα οριζόμενα στο Ν.Δ. 496/1974.

Οι συμβάσεις που συνάπτει το Ταμείο με δικαιούχους για την εκτέλεση των χρηματοδοτικών προγραμμάτων, προϋπολογιζόμενης δαπάνης, χωρίς ΦΠΑ, ποσού μεγαλύτερου ή ίσου των διακοσίων χιλιάδων (200.000) ευρώ υπάγονται υποχρεωτικά σε προληπτικό έλεγχο από το Ελεγκτικό Συνέδριο, σύμφωνα τις οικείες σχετικές διατάξεις.