Η Οργάνωση του Πράσινου Ταμείου βασίζεται σε ένα μικρό και ευέλικτο σχήμα, το οποίο θα μπορεί με διαφανείς διαδικασίες να σχεδιάζει, να υλοποιεί και να ελέγχει χρηματοδοτικά προγράμματα.