Η διοίκηση του Ταμείου ασκείται από το διοικητικό συμβούλιο. Το διοικητικό συμβούλιο συγκαλείται από τον Πρόεδρο τακτικά μία φορά το μήνα και εκτάκτως όταν κρίνει ο Πρόεδρος. Οι αποφάσεις λαμβάνονται με πλειοψηφία του αριθμού των παρόντων και εκπροσωπουμένων. Σε περίπτωση ισοψηφίας υπερισχύει η ψήφος του Προέδρου. Στις συνεδριάσεις του διοικητικού συμβουλίου τηρούνται πρακτικά, τα οποία υπογράφονται από τον Πρόεδρο και τον Γραμματέα του διοικητικού συμβουλίου. Όταν στο διοικητικό συμβούλιο του Πράσινου Ταμείου συζητείται η διάθεση και αξιοποίηση των πόρων του ειδικού λογαριασμού «Γαλάζιο Ταμείο» που προβλέπονται στον ν. 743/1977, στις συνεδριάσεις του διοικητικού συμβουλίου καλείται και μετέχει εκπρόσωπος της Γενικής Γραμματείας Ναυτιλίας και Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας του Υπουργείου Προστασίας του Πολίτη, ο οποίος ορίζεται από τον Υπουργό Προστασίας του Πολίτη.  

Το διοικητικό συμβούλιο διοικεί το Ταμείο και ελέγχει τη λειτουργία των υπηρεσιών του, διαχειρίζεται την περιουσία του, τους πόρους του Ταμείου και τις υποθέσεις του, αποφασίζει για κάθε υπόθεση που αφορά στην εξυπηρέτηση των συμφερόντων και την εκπλήρωση των σκοπών του, αποφασίζει και εντέλλεται την είσπραξη των πόρων και την ενέργεια δαπανών, εγκρίνει τον ετήσιο προϋπολογισμό, ισολογισμό και απολογισμό του, τους οποίους εν συνεχεία υποβάλλει για έγκριση στον Υπουργό Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής. Το διοικητικό συμβούλιο μπορεί με απόφασή του να αναθέτει ή να μεταβιβάζει ορισμένες αρμοδιότητές του σε μέλος ή μέλη του διοικητικού συμβουλίου, στον Διευθυντή του Ταμείου ή σε προϊσταμένους των υπηρεσιών του Ταμείου.